Emerging MDR-Mycobacterium avium subsp. avium in house-reared domestic birds as the first report in Egypt

BMC Microbiology

Table 1 List of oligonucleotide sequences and cycling conditions that used in this study

Target genes	Oligonucleotide sequences (5′-3′)	Product size (bp)	Initial D	Cycling (35)			Final E
Target genes	Oligonucleotide sequences (5′-3′)	Product size (bp)	Initial D	D	A	E	Final E
M. avium IS901	(F) 5′-GGATTGCTAACCACGTGGTG-3′	577	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	58 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
M. avium IS901	(R) 5′- GCGAGTTGCTTGATGAGCG-3′	577	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	58 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
rpoB	(F) 5′- TCAACATCCGTCCCGTCG-3′	347	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	60 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
rpoB	(R) 5′-GGCGGTCAGGTAGTGGAT-3′	347	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	60 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
rpsL	(F) 5′-ACCAGTTGCGACCCGTAGA-3′	592	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	56 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
rpsL	(R) 5′-CGCCTAACCGTAAGGAAGTGAA-3′	592	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	56 °C 40 s.	72 °C 45 s.	72 °C 10 min.
otrB	(F) 5′-CCGACATCTACGGGCGCAAGC-3′	947	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	68 °C 40 s.	72 °C 1 min.	72 °C 10 min.
otrB	(R) 5′-GGTGATGACGGTCTGGGACAG-3′	947	94 °C 5 min.	94 °C 30 s.	68 °C 40 s.	72 °C 1 min.	72 °C 10 min.
inhA	(F) 5′ - TGGTCAGCTTCCTGGCTTCC-3′	810	94 °C 4 min	95 °C 1 min	55 °C 2 min	72 °C 2 min	72 °C 5 min
inhA	(R) 5′ - GACCGTCATCCAGTTGTAG-3′	810	94 °C 4 min	95 °C 1 min	55 °C 2 min	72 °C 2 min	72 °C 5 min

ISSN: 1471-2180