Skip to main content

Table 4 Relative abundance of OTUs recovered from synthetic communities spiked into whole blood

From: The development and application of a molecular community profiling strategy to identify polymicrobial bacterial DNA in the whole blood of septic patients

OTU taxonomic ID

SC1

SC1 Sap

SC1 1Wash

SC1 Full

SC3

SC3 Sap

SC3 1Wash

SC3 Full

SC5

SC5 Sap

SC5 1Wash

SC5 Full

Enterobacteriaceae (E. hormaechei)

32.22 %

43.58 %

54.37 %

54.78 %

36.15 %

29.76 %

39.65 %

37.26 %

24.60 %

37.40 %

1.94 %

53.01 %

Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis)

35.59 %

26.11 %

9.76 %

9.40 %

40.03 %

42.14 %

19.45 %

16.69 %

13.03 %

36.95 %

94.93 %

6.54 %

Escherichia (E. coli)

10.82 %

0.01 %

0.33 %

0.26 %

0.90 %

5.36 %

7.56 %

13.30 %

19.67 %

0.03 %

0.70 %

1.00 %

Streptococcus (S. pneumoniae, S. intermedius)

0.30 %

2.98 %

0.17 %

0.24 %

0.00 %

2.56 %

0.80 %

2.08 %

2.72 %

1.27 %

0.16 %

0.19 %

Neisseria (N. flava)

0.13 %

0.00 %

0.06 %

0.10 %

0.00 %

0.24 %

1.20 %

0.36 %

1.83 %

0.00 %

0.03 %

0.01 %

Actinomycetales (M. luteus)

0.01 %

0.01 %

0.02 %

0.12 %

0.00 %

0.55 %

0.28 %

1.09 %

0.95 %

0.00 %

0.12 %

0.07 %

Fusobacterium (F. necrophorum)

0.12 %

0.00 %

0.05 %

0.13 %

0.00 %

0.29 %

0.75 %

0.40 %

0.40 %

0.00 %

0.02 %

0.00 %

Prevotella (P. melaninogenica)

0.25 %

0.00 %

0.01 %

0.14 %

0.00 %

0.02 %

0.33 %

0.44 %

0.31 %

0.01 %

0.01 %

0.02 %

Other OTUs

20.56 %

27.32 %

35.23 %

34.84 %

22.90 %

19.08 %

29.98 %

28.39 %

36.47 %

24.34 %

2.09 %

39.15 %