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Table 4 Validation by QRT-PCR of differentially expressed genes

From: In planta gene expression analysis of Xanthomonas oryzae pathovar oryzae, African strain MAI1

        

Fold changes in gene expression

     

Array

QRT-PCR

Gene

Putative function

Primer sequence

Size, bp

AT, °C

1 dpi

3 dpi

6 dpi

1 dpi

3 dpi

6 dpi

FI978319

Type IV pilin

5' CTAACCGGCTGAGCTATTCG

166

60

0,0

0,0

1,3

2,7

2,9

2,0

  

3' CAGCCAAGCCAAAGACAAGT

        

FI978328

probable TonB-dependent receptor

5' CGCACTAATCGCATTCTCAA

167

60

0,0

29,0

11,7

29,9

69,0

22,5

  

3' AAACGGCGGATGTAGAACAG

        

FI978288

putative transposase

5' GCAGAACGTTGGGAACACTT

156

60

0,0

1,7

0,8

0,5

0,4

1,0

  

3' CAGATTCGACAGCGCAAATA

        

FI978282

avirulence protein AvrBs3/pth family

5' AAGAGGAACTCGCATGGTTG

167

60

0,0

0,6

1,3

0,7

0,6

1,6

  

3' TTGAACGCATCTGTCTACCG

        

FI978099

putative transposase

5' TCGTTTTGTTAGCCGCTCTT

188

60

0,0

0,9

1,4

0,0

0,8

1,6

  

3' GACGCACATTGCACTTTGAT

        

M1P3I15

Avr/Pth14 (avr/pth14) gene

5' AGGTACGAGGCCTCACTGAA

140

60

0,0

1,4

1,9

3,2

3,4

8,1

  

3' CAATTCCCTATCCCGAGGAG

        

FI978263

HrpF protein

3' GGGCTAACAATCACCAGAGC

157

60

0,0

5,0

9,8

8,3

26,7

12,5

  

5' CACGTTTTCGGGATTCAAGT

        

FI978252

hypothetical protein XOO0776

5' AGAAGTTGCAGGCCAAAGAA

150

60

0,0

20,0

12,3

4,3

47,5

24,9

  

3' CGCAGGTGACAAACAAAAGA

        

FI978310

-

5' AATGGATCAGTTGGGTTGGA

224

60

0,0

0,0

1,5

0,0

1,2

1,1

  

3' GAGGTACGCTtcgaCGTTTC

        

FI978259

ATP-binding protein of ABC transporter

5' TCAGCTCATTTCACGTCAGG

215

60

0,0

0,0

1,6

2,5

1,7

1,6

  

3' CAGAGCAGGGTGTGTAAGCA

        

FI978067

conserved hypothetical protein

5' GCATATAGCTCCGAGGCAAC

160

60

0,0

-2,2

0,0

-0,8

-2,8

-0,2

  

3' GGTTTCCCCATTCGGATATT

        

FI978305

hypothetical protein xccb100_3708

5' AGGAGCCAAGGCAATTAACA

170

60

0,0

0,0

0,5

0,5

0,6

1,2

  

3' TGAGGAGTCTGGGAAGTTGG

        

ACD57163

XopX effector protein

5' TTGTTCCTGCCATTGGAAAT

150

60

10,0

14,7

11,0

198,5

49,0

43,3

  

3' GATGCTGCTCCAGAGAAAGG

        

AF275267

avirulence protein gene (avrXa7)

5' GCACAGCAATCTTTCGAGGT

172

60

0,0

7,2

3,0

9,8

12,3

4,8

  

3' CATCTTGTTCCCACATCACG

        
  1. List of DNA fragments used to validate the Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) MAI1 strain expression changes as determined by microarray analysis. Sequences of forward and reverse primers, putative function; average of fold-change expression, gene product sizes, and annealing temperatures (AT) are indicated.
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BMC Microbiology

ISSN: 1471-2180

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